数字PCR优异的样品分配步骤与泊松统计数据分析相结合,比传统PCR和qPCR方法具有更高的精度。因此,数字PCR特别适合检测少量输入核酸或需要样品中目标量具有较高分辨率的应用。
如今,全球dPCR和qPCR市场竞争激烈。到2024年,市场规模预计从2019年的41.133亿美元增长到62.709亿美元,复合年增长率为8.8%。由于数字PCR和实时PCR的应用广泛,因此无时无刻不被拿出来做比较。
数字PCR
原理:PCR反应系统分为小体积隔室。扩增后,对阳性和阴性反应的数目进行计数,直接获得样品的拷贝数。
应用:液体活检;拷贝数变化分析;检测低数量的病原体;检测罕见基因突变;非侵入性产前诊断;食品和转基因检测;环境检测;第二代测序文库分析。
优点:绝对定量,无需标准曲线,灵敏度高,对PCR抑制剂的耐受性更高;
缺点:动态范围窄,成本高。
实时荧光定量PCR
原理:扩增产物的量与荧光信号强度成正比,并且使用反应周期阈值和标准曲线对样品进行定量。
应用:病原体的检测和定量;基因表达的相对检测;单核苷酸多态性分析;肿瘤标志物的检测等。
优点:动态范围广,应用范围广,成本低;
缺点:扩增效率容易受到PCR抑制剂的影响。
数字PCR仪器根据反应混合物的分离方法,可分为芯片数字PCR(cdPCR)和液滴数字PCR(ddPCR)。
cdPCR利用微流控技术,将反应分为纳米级反应室。经过一系列反应后,用成像系统和倒置内窥镜检测荧光。然后利用成像软件计算目标序列的拷贝数。
ddPCR利用油包水和微流控技术创建微反应单元。核酸被随机分为油包水小滴,分别进行PCR。然后使用双色光学检测系统读取每个液滴中的信号。