自新冠肺炎爆发以来，新冠病毒的起源就备受关注。作为美国新冠病毒的主要“震中”——纽约市，人们对其新冠病毒的起源争论层出不穷。近日西奈山伊坎医学院在《Science》上发表了一项新研究，该研究证实了纽约市的新冠病毒来源于欧洲和美国。
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截止北京时间2020年6月4日17时30分，美国累计确诊病例1902031人，死亡109142人，昨日新增21365人。纽约州是美国累计确诊人数最多的州，确诊病例已超过20万。
据西奈山伊坎医学院（Icahn school of Medicine at Mount SInai），包括纽约市立大学公共卫生学院（CUNY SPH）博士生布里安·奇费里（Brianne Ciferri）在内的研究人员对SARS-CoV-2进行的首次分子流行病学研究显示，纽约市的首次确诊COVID-19病例主要来自欧洲和美国。纽约市已经变成美国SARS-CoV-2感染的主要震中之一，在大都市地区有近17000人死亡。了解病毒何时到达纽约以及病毒的传播途径对评估和制定遏制策略至关重要。
这项研究在5月29日发表在《科学》杂志上，这是首次追踪纽约市病例来源的研究，该研究表明，SARS-CoV-2在纽约市的爆发最主要是由于美国和欧洲之间未经追踪的传播引起的，并没有证据支持病毒是从中国或其他亚洲国家引入的。研究人员还记录了在此期间SARS-CoV-2在纽约市的早期社区传播。 该研究小组对西奈山卫生体系（Mount Sinai Health System）的一家医院就诊的患者中导致COVID-19的病毒进行了测序，这些患者在西奈山卫生体系的其中一个医院寻求治疗。对84个不同的SARS-CoV-2基因组进行的系统发育分析表明，多个独立但孤立的引种主要来自欧洲和美国其他地区。研究人员在居住在不同社区的患者中发现了相关病毒集群，这表明社区的传播在3月18日就已经开始了。 SARS-CoV-2确诊病例。截至2019年3月31日，SARS-CoV-2分子检测阳性的患者人数，与2019-2020年度每日甲、乙型流感检测患者的每日人数相比。阴影区域表示获得本研究中测序的样品的时间（2月29日至3月18日）。每种病毒的阳性测试数量未针对测试样品的数量进行标准化。
西奈山伊坎医学院的病原体监测计划（PSP）是一个多学科的机构基础设施，旨在生成高分辨率、近乎实时的有关病原体的基因信息。大量的病人在纽约市西奈山卫生体系中寻求治疗。随着对生物标本编码，核酸提取和qPCR量化，建立在Illumina和Pacific Biosciences技术的新一代测序技术方法可提供有关病原体基因组的信息。这一过程已经得到了优化，可以快速运转，优化了数据组装，最后重要的一点是，它与已识别的人口统计信息相集成。 研究者根据氨基酸和核苷酸取代以及最大似然（ML）和贝叶斯方法的统计支持，将源自西奈山卫生系统寻求治疗的患者的每个SARS-CoV-2分离株分配到主要的进化枝上。这些突变仅用于分类，因为其功能影响仍然未知。作为参考，研究团队采用了来自NextStrain工具的进化枝命名法。
对于每个指定的分支，他们根据纽约的序列位置和可用的流行病学信息确定了不同类型的输入事件。第一个病毒分离株来自于一位有中东旅行暴露史的患者(A3支，节点5)，第二个分离株来自于一位有欧洲旅行史的患者(B支，节点6)。其余的分离株，绝大多数(87%)聚集在A2a枝上。这一分支主要由来自欧洲的新冠患者分离毒株组成(72%)，这表明来自欧洲的病毒引入是3月第一周在纽约暴发的病毒主体。 COVID-19患者的地理位置分布，病毒分离株已被测序。
奇费里表示，“我们的研究为这种新型病毒病原体的起源和多样性提供了出乎意料的见解。我们找到了明确的证据，证明有来自世界各地和美国的不同来源多次独立引入大都市圈。此外，我们在整个城市的不同社区中发现了菌株群，这表明未经追踪的社区传播在3月18日之前已经开始，我们的研究结果强调了在出现新的病原体的情况下，早期公共卫生应对的必要性。希望我们发现的有关早期传播和引入国家震中的证据将为今后的公共卫生提供指导，能够在大流行早期阶段做出贡献。”
参考：
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发表于 2020-6-6 11:16:24
